一般而言，除了暴死或是尚未亲政，皇帝死前都会立下遗诏，选定死后的皇位继承人。同治皇帝驾崩时19岁，而且自16岁大婚后已经亲政，也不属于暴死，因此我们有理由相信同治帝会留下传位遗诏。
关于同治帝的遗诏，《清穆宗实录》记载有一个《大行皇帝遗诏》。但这个遗诏是同治帝死后补写的，完全体现的是慈禧的意图。此外，尚有传闻，同治帝驾崩前确实有另外一个真正的遗诏。
《清代野史大观》记载，同治帝死前，召他的师傅李鸿藻到御榻前。这时，正好皇后阿鲁特氏也前来问疾，站在同治帝一侧，正准备回避时被同治帝留住。他对皇后说：“师傅是先帝的老臣，你是我的皇后，我正有要事，何必引避？”李鸿藻见了皇后，急忙跪拜。同治帝说：“师傅快起，此非常时刻，不必拘礼。”
李鸿藻和皇后都知道同治帝行将就木，皆失声痛哭。同治帝问皇后说：“我如不讳，必立嗣子，你是何意？”皇后说：“国赖长君，我不愿居太后之虚名，拥委裘之幼子，而贻宗社以实祸。”同治帝听了笑了笑：“你如此知礼，我就无忧了！”随即口授遗诏，以贝勒载澍入承大统。
可惜同治帝所托非人，李鸿藻出宫后觉得此事事关重大，身系性命，当然要站在强者一边了。于是他赶忙跑到慈禧后宫，请求召见。见到慈禧后，李鸿藻把遗诏进呈给慈禧，慈禧看后怒不可遏，当场将其撕碎。
至于这段野史有多少可信度确实很难求证，但作为19岁的皇帝，知道自己将死，不可能不考虑自己的继承人。再者，同治帝所得之病又不是暴死，死前还有数日是头脑清醒的，以此推断，他也应该留下一个传位遗诏。但是否继承人就是载澍，这个也不是没有可能。
相对于野史的记载，《翁同龢日记》就较为可靠了。日记中记述了慈禧、慈安、恭亲王对帝位继承问题的争论，说：“当诸王大臣闻同治帝崩逝的消息后，先入养心殿朝见慈禧太后，然后面对同治帝遗体哭灵，再回到养心殿西暖阁。
同治死后，慈安、慈禧急忙召见惇亲王奕誴、恭亲王奕訢、醇亲王奕譞、孚郡王奕譓，以及军机大臣宝鋆、沈桂芬、李鸿藻等人入内。众人到了养心殿西暖阁后，慈禧第一句话说的很有水平，也是她的风格。太后谕云：“此后垂帘如何？”枢臣中有人对：“宗社为重，请择贤而立，然后恳乞垂帘。”
慈禧太后马上颁布了谕旨：“文宗无次子，今遭此变，若承嗣年长者，实不愿，须年幼者，乃可教育。现在一语既定，永无更移，我二人（指慈安）同此一心，汝等敬听，则即宣曰醇亲王之子载湉。”
翁同龢日记的内容大体是准确的，但其中的枢臣对慈禧的谕令有异议。事实表明，在立嗣问题上当时确实有过争斗，斗争是在慈禧、慈安、奕䜣等人之间进行的，实质上仍然是权力之争，是让不让慈禧垂帘听政之争。当时，关于立谁为嗣皇帝这个问题上，有三种方案备选。一是在“溥”字辈中进行挑选；二是选“奕”字辈中的奕䜣继位；三是从“载”字辈中推举。
显然前两个方案都被慈禧给否了，若是立“溥”字辈为嗣，那么只有两人可以选择，即溥伦和溥侃，溥伦十七岁，溥侃只有八个月，他们都是道光帝长子奕纬的孙子。八个月大的溥侃太小，没有继承大统的可能，而浦论是的父亲载治不是奕纬的亲儿子，而是由旁边支过继来的，算不上是“近支宗室”。因此，“溥”字辈的无法继承皇位。
还有一点是台面下的，如果“溥”字辈的继承大统，那么慈禧将成为太皇太后，而以皇太后身份垂帘听政的，很有可能就是同治皇帝皇后阿鲁特氏。这显然是慈禧不能接受的。将皇位传给奕䜣就更说不过去了，皇位继承一般都是父死子继或兄终弟及，奕䜣作为皇叔是没有资格的。再者，同治朝十余年的政争中，奕䜣的权力几次遭受打压，慈禧怎么眼睁睁地看着自己受制于人。
剩下来“载”字辈的继承皇位也就水到渠成了，慈禧最终将自己妹妹所生的载湉选为继承人，实现了自己第二次垂帘听政的愿望。同治十三年十二月初九日，宣布以明年（1875年）为光绪元年。就这样，载湉在慈禧的一手安排下成为清代历史上第十代第十一位皇帝，而同治帝的那份遗诏则成了千古之谜。
