从朱明王朝开始，琉球王国便是中国的藩属国，中国跟琉球的宗藩关系达五百年之久。自明初以来，琉球跟中国的关系便十分密切，琉球不断向中国进贡，琉球历代国王都接受中国册封。因为琉球朝贡明朝是所有藩属国中最多的，随后将“中国丝绸”换取“日本白银”，这引起了日本的觊觎。
公元1609年，日本萨摩藩发动了入侵琉球的战争，攻入王都。从此琉球处于“中日（萨摩藩）”属国的状态。一方面，统治阶级受到萨摩藩的控制；另一方面，每年也继续向中国朝贡。1867年，日本明治维新期间，为转移其国内焦点及矛盾，日本生出了“征韩论”跟“出兵台湾”的想法。
公元1871年（清同治10年，日本明治4年）10月，一艘琉球宫古岛岛民的进贡船在回那霸航行时遭遇台风，漂流至台湾南端，后因闯入高士佛社台湾原住民住地，遭台湾原住民杀害。当时，琉球仍旧是中国藩属国，日本在长期的锁国政策下，琉球跟日本并无关联，自明治掌权后即打破锁国政策，明治见琉球人民在台湾被杀是千载难逢的机会。同治十二年（公元1873年），日本政府外务省向中国总理衙门提及，简单回复“生番（台湾原住民）既我之化外，伐与不伐，惟贵国自裁之。”日本以此为借口，对台湾出兵。
公元1874年（同治十三年，明治七年）5月10日，日军于射寮登陆。5月18日到5月21日，日军与台湾抗日派少数民族有小规模接触，互有伤亡。5月22日，日军抵达石门村，遭遇原住民强烈抵抗、发生激战，台湾原住民牡丹社头目阿碌父子战死。6月1日，日军分三路攻打牡丹社、高士佛社和女奶社，沿途只有小规模抵抗，占领后焚烧村屋并撤回射寮营地。7月1日台湾原住民三社（牡丹社、高士佛社、女奶社）投降。
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清政府在最开始的时候不以为意，不过在战争开始以后恍然明白事态的严重性。所以就在5月下旬的时候派遣沈葆桢主持台湾事宜。由淮军唐定奎率领装备精良的主力十三营6500人赴台，跟日本大久保利通。后在美英等国的“调停”下，中日签订了《北京条约》。日本向清朝索赔50万两白银。且10万两是“抚恤”，40万两是“购买道路房屋”。
而后来日本为将清朝跟琉球的藩属关系切断，彻底吞并琉球，曲解《北京专约》，指清朝已承认日本出兵是“保民义举”，也就是清朝承认琉球人是日本人。尽管清朝澄清北京专约所指之“民”，只是1873年漂流到台湾被生番杀害的小田县（今冈山县）之民，不包括1871年被杀害的琉球漂民。不过日本不予理会。1875年7月，日本逼迫琉球与中国断绝关系，命令琉球停止对清朝贡，不接受清朝册封，撤销位于福州的琉球馆。
1879年1月，日本勒令琉球国王尚泰宣誓遵奉日本国法；同年3月，日本派军警占领尚泰的住所，4月将琉球改名为冲绳县。在经过此次事件以后，清朝也认识到了台湾的重要性，对台湾的态度出现了极大的转变，于1885年建设台湾省。
