1900年，德国人在山东修胶济铁路，运送山东的矿藏，同时借助当地官府，残害当地百姓。义和团运动提出“扶清灭洋”的口号，破坏铁路，杀害德国人。慈禧对义和团的政策摇摆不定，一方面想借助义和团打击洋人，另一方面又担心义和团坐大威胁清朝的统治。她派袁世凯接替毓贤，担任山东巡抚，处理山东教案。
莫言《檀香刑》
莫言的小说《檀香刑》就以此为背景。在第十三章“破城”中，袁世凯给高密县令发了一封电报，其中有这样的话：
前次巨野教案，几损我山东省大半主权，如此次人质遇害，后患之巨难以设想。至时不惟国家将分疆裂土，吾等身家性命亦难保全。
巨野教案，又称曹州教案。巨野就是古时的梁山泊。1894年，当地人组织“大刀会”，提出“兴华灭洋，保卫身家”的口号。
薛田资
薛田资是德国传教士，他是一名天主教圣言会会士，1893年，他来到中国，1895年初，担任能方济的助手。1896年秋，成为本堂神父，驻扎张家庄。直接上司是韩理加略。
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能方济
能方济在阳谷传教，韩理加略在郓城传教。1897年11月1日，二人赴兖州参加“诸圣瞻礼”，返程到张家庄教堂借宿。薛田资把自己的寝室让给客人过夜，自己住进院门耳房中。他们认为这里很安全，没有采取任何防范措施，薛田资也没有锁门。
韩理加略
晚上，下着小雨。十多人手持短刀，进入张家庄教堂。两名壮汉摸到薛田资的房间，破窗跳进室内，传出几声枪响。能方济和韩理加略身上有多处刺伤，在午夜前毙命。
因躲在耳房中逃过一劫的薛田资连夜偷偷跑到县城告官，第二天逃往济宁，电告德国驻华大使并转德国政府。
知县许廷瑞不敢怠慢，为了取得上司和德国人的宽恕，他在自己的轿杆上锁上链子，摘去官帽以示有罪。他一面马上到张家庄验尸，一面派军队保护教堂，并亲自为教堂打更。
清廷担心德国人以此为借口，生出事端。命山东巡抚李秉衡速派人驰往巨野破案，限15日内将凶手捉拿归案。
李秉衡派臬司毓贤和兖沂曹济道巴岳特·锡良驰往查办。普遍认为，是“大刀会”制造了这场袭击。他们在巨野大肆捕人。据薛田资记载，大约有50人被抓，其中一部分很快被释放，一部分则被严刑拷打致死，还有的死于牢房里的传染病。
毓贤
其实，这些人都是冤枉的，他们受刑不过，屈打成招。如被判死刑的雷协身，其母亲刚去世，重孝在身，无故被抓。还有被称为“惠二哑巴”的惠潮，当天正帮人盖房，听说母亲被打，急忙跑去看，结果被抓，因口吃无法辩解，也被判了死刑。
据查，真正杀死两位德国传教士的，是刘德润、奚老五（奚际田）等人。刘润德是巨野县独山镇小刘庄人，生于1845年，自幼习拳弄棒，练就一身好武功，人送外号“刘大刀”，他联络奚老五、奚效方、奚金兰、曹言学等人，夜闯教堂，一则教训为非作歹的教主薛田资，二则警示逆来顺受的清廷地方官员。事发第二天，刘润德携妻女逃到梁山张博士集隐居，奚老五等十三人远走他乡。
巨野教案给久欲占领中国领土的德国政府找到了借口。
李秉衡
11月7日，德皇威廉二世命令停泊在吴淞口的远东舰队强行占领胶州湾。时任山东巡抚的李秉衡认为“土地不可自我而失”，派兵相争。德国远东舰队司令蒂尔匹茨于11月14日命600名官兵突然登陆，抢占各山头要隘，清军退却。之后，德驻华公使海靖奉命向清政府提出6项大大超出教案赔偿的条件的要求。双方经过一个多月的争执，于12月下旬达成了如下协议：
1、山东巡抚李秉衡革职，永不叙用；后删去“永不叙用”，改为不能重用。李秉衡改任四川总督，因德国人不同意而作罢。八国联军攻打北京时，领兵出战，在杨村兵溃，退至通州，吞金自尽。八国联军后来仍要求严惩，清政府只好下令追夺一切官职并撤销恤典。
2、出白银66000两，在济宁建天主教堂一座，匾额用“敕建天主堂”。
3、在曹州府城及巨野县张家庄各建教堂一座，张家庄教堂后改在兖州建造。每座教堂中国拨地10亩，其余仿济宁教堂办法。
4、赔偿德国教士损失白银3000两。
5、发布谕旨，饬地方官照约教堂教士，曹州府等处未能用力保护德国教士之地方官六员调赴他省。
6、自胶澳（胶州湾）造铁路至济南省城。
1898年3月6日，由李鸿章、翁同龢代表满清政府，在北京与德国驻中国公使海靖签署《中德胶澳租界条约》。条约内容包括租借胶澳地区、修筑胶济铁路及开发沿线矿藏，和山东省事务共三端十款。
此后，胶澳地区成为德国的租借地，并开始了以青岛为中心的城市建设，山东变成德国的势力范围。其他列强（俄罗斯，英国，法国和日本）纷纷仿效德国，争夺殖民地，以此确保自己在中国的势力。
一战后，该条约被二十一条取代。
