1937年底，徐州会战开始。冯治安的第七十七军被派往淮河北岸守备，阻截由津浦线北上之敌，配合了台儿庄战役的顺利进行。徐州弃守后，冯治安部因遭受优势兵力的压迫，星夜向皖苏边境撤退，在苏北真空地带集结休整。1938年8月，冯治安率部越津浦路，横穿安徽至豫东布防。不久，蒋介石部署了武汉会战，冯治安部奉命至鄂北待命。
此前，张自忠因战功升为第二十七军团军团长，与冯治安一同自河南潢川经商进入大别山区。旋奉上命，第十九军及第二十七军团番号撤消，共组为第三十三集团军，张自忠为总司令，冯治安为副总司令。
张自忠（左）和冯治安（右）
一
10月，第三十三集团军西进，途经黄陂、孝感，到达三山寺，因前面公路破坏，忍痛烧毁了六十余辆汽车，全军下公路沿羊肠路绕过被毁路段，通过京山、钟祥，最后到荆门驻扎休整。自武汉弃守后，襄樊虽成为日寇势在必得的目标，但日军战线拉得太长，兵员给养都感不足，所以并没有大举进犯，抗战也进入了相持阶段。
冯治安和张自忠是多年莫逆之交，虽然张后来居上，冯治安毫不介怀，相互间推心置腹，默契极深。1938年春至1939年春，第三十三集团军与日军有多次规模不大的交锋，其中长寿店之战、襄樊之战，日军均遭创伤，但于战局无重大影响。
1940年4月，日寇集中近七个师的兵力，发动了枣宜会战。不久枣阳陷落，襄阳告急。李宗仁命第三十三集团军渡过襄河截击西犯之敌。张自忠毅然决定亲率突击队过河执行任务。
冯治安认为主帅不宜这样做，婉言劝阻，张自忠不听，冯治安又提出由自己率队前往，张自忠执意亲征，不容再议。
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二
出师前夕，张自忠与冯治安相对默坐，一灯如豆，夜色沉沉。良久，张自忠一跃而起说：“军人到了该死的时候了”。冯治安闻言紧抓住张自忠的手，欲言又止。张自忠回到快活铺住所后，连夜写下留给冯治安及其他将领的遗书，其中致冯治安书写到：
“仰之我弟：因战区全面战事之关系及本身之责任，均须过河与敌一拼……奔着我们最终之目标往北迈进。无论作好作坏，一定求良心得到安慰，以后公私均得请我弟负责，由现在起，以后或暂别或永离均不得知……”
天亮以后，张自忠率众东渡襄河，冯治安依依相送，屡欲有言，张不顾，策马而去。渡河后，经过五昼夜拼杀，所向披靡。日寇乃集结优势兵力在宜城县南瓜店将张自忠将军团团包围。张身被数创犹奋勇与敌相搏，最后壮烈殉国，时年四十九岁。
张自忠将军的遗体先是被日军草草埋葬，后来又由部下找到运回。开棺之际，冯治安抚遗体恸哭几绝，亲为擦拭遗容。致祭时全军举哀，哭声动地。旋奉上命，将遗体移于重庆梅花山。冯治安扶柩送灵，形销骨立，后于武镇的伏虎山麓，为张自忠建衣冠冢，内置烈士生前血衣，冢前建张公祠，供军民致祭。冯治安以后每去重庆，必往梅花山祭奠，每祭必泣如雨下。
三
张自忠殉国后，冯治安继任第三十三集团军总司令，仍兼第七十七军军长。当时，日寇凶焰正炽，冯治安部屡经摧折十分疲弱。冯治安乃利用运动战术与敌周旋，率部西走观音寺、雾渡河，又折向北行经南漳县渡过襄河至河南邓县，然后复折回南漳。
转战过程中，部队生活极苦，山地高寒，士兵不能及时穿上棉衣，冯治安自己也坚决不穿棉衣，偶然吃顿好饭菜，他也端着碗和大家一同进食。
经过数月奔波，由于日军疲于奔命，且其战略重点转至铁路沿线，无力顾及山区，因此冯部得以在南漳驻足。南漳县城经日寇洗劫，遍地瓦砾，满目蓬蒿。冯治安将军部移至城南沐浴村，从此安定下来。
冯治安
当时在鄂西北山区作战的，尚有共产党领导的部分游击武装，冯治安一律以友军相待。他曾批准何基沣向游击队赠送枪械，数量相当可观。
冯治安出身贫苦，对国共合作持赞成态度。西北军出身的共产党人吉鸿昌、赵博生等都和他感情密切。何基沣1938年去延安，回来后即向冯治安如实汇报，冯欣然表示愿与共产党建立统战关系。
后来，蒋介石曾调何基沣去审查，因冯治安力保而得全。其他如参谋长张克侠、机要参谋马秉正、通信组长樊云门，以及王西萍、李连城等共产党人，冯都心中有数，但用而不疑。马秉正在潢川时，有一次饮酒大醉，进军部后破口大骂冯治安，语多讥讽，左右皆惊。冯治安却凝神谛听，一语不发，事后亦不追究。
四
第三十三集团军在南漳共住了三年多，保持了相对宁静。
1944年8月，冯治安去重庆述职，刚到秭归，忽接南漳急电：日军突袭第三十三集团军驻地。冯治安急忙折返，行至榛子岭接前方电话：日寇已占领南漳，沐浴村几被烧光，有一位团长战死，无数群众惨遭杀害。冯闻讯连夜东行，至保康县马良坪和总部人员相遇。由于日寇犯南漳后未再西进，第三十三集团军即在马良坪一带布防，又成敌我相持状态。
1945年5月，盟军攻克柏林，法西斯德国投降。冯治安喜不自禁，弄了面小鼓放在家中，说等抗日胜利时用。8月，日寇投降，冯治安带头打起小鼓，流着眼泪和大家彻夜狂欢。
