十四世纪初叶，日本进入南北朝分裂时期，封建诸侯割据，互相攻战,争权夺利。在战争中失败了的一些南朝封建主就组织武士、商人和浪人到中国沿海地区进行武装走私和抢劫烧杀的海盗活动。历史上称为“倭寇”。
明朝初年，倭寇就对中国沿海地区进行侵扰，从辽东经山东到广东漫长的海岸线上，“岛寇倭夷，不时出没”,“乘间辄傅岸剽掠，沿海居民患苦之”。洪武二年（1369年），倭寇“数侵掠苏州、崇明，杀掠居民，劫夺货财”。太仓卫指挥佥事翁德率领卫所士兵给予有力的打击，“斩获不可胜计，生擒数百人”。但倭寇并不因此敛迹，仍“时出剽掠，扰濒海之民”。 为此，明太祖朱元璋曾数次派遣使者到日本，劝告日本国王阻止倭寇的劫掠活动，但“不得要领”。
于是明朝政府便大力加强海防，筑城列寨，增置卫所，添造战船，增派戍兵。洪武四年（1371年），命靖海侯吴祯籍兵十一万增强沿海卫所。洪武五年，“命浙江、福建造海舟防倭”。第二年，又命沿海卫所“增置多橹快船”以便追击。洪武十七年（1384年），“命信国公汤和巡视海上。筑山东、江南、江北、浙东、西海上五十九城”。
洪武二十年（1387年），“命江夏侯周德兴往福建福、兴、漳、泉四郡视要害，筑海上十六城，籍民为兵，以防倭寇”。 当时从辽东到广东沿海共设置了五十多卫，有士兵二十余万。战船的配备也很齐全，沿海卫所，每百户设船一，每千户所船十，每卫五所，共船五十，每船旗军五十名。洪武时期，由于明朝政府加强海防，所以倭寇未酿成大患。
永乐时，朱棣一方面允许日本政府和商人来中国进行贸易，同时仍加强沿海防御。永乐九年（1411年）正月，命丰城侯李彬、平江伯陈瑄等率浙江、福建舟师剿捕海寇。永乐十四年（1416年），命都督同知蔡福等率兵万人，于山东沿海巡捕倭寇。永乐十七年（1419年），总兵刘荣（即刘江）又于辽东望海埚进行了一次大规模的抗倭战役。
望海埚，位于金州卫金线岛西北，距金州城七十余里，是辽东沿海的要塞，“凡寇至，必先经此”，而且地势高广，可驻兵千余。刘荣任辽东总兵后，巡视至此，发现其军事价值，遂上疏以石垒堡，置烟墩瞭望。有一天，守候烟墩的士兵报告：“东南夜举火有光。 ”刘荣判断定是倭寇将至，马上派遣马、步官军开赴望海埚的城堡备战。第二天，果有二千倭寇乘船前来。刘荣让都指挥徐刚伏兵于山下，又派百户江隆帅壮士“潜绕贼船，截其归路”。他与大家约定：“旗举伏起，鸣炮奋击。”不久，倭寇来到埚下，刘荣举旗鸣炮，伏兵遂大起奋勇杀敌。倭寇大败，死者横仆草葬，余众奔樱桃园空堡。官军追上前去将之包围，纷纷请求入堡剿杀。而刘荣为了避免敌人作困兽之斗，不答应士兵的要求，采用了“围师必缺”的战术，“特开西壁以待其奔”，并分两翼夹击结果歼灭了大部敌人。少数倭寇走脱找船，又被江隆所部擒拿。战斗结束，全歼了入侵者，“生擒数百斩首千余”。望海埚之役是明初对倭作战的第一个大胜仗，从此，倭寇就不敢进行大规模的侵扰。
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倭寇对中国沿海的侵扰到明世宗嘉靖时又猖獗起来。日本南北朝的战乱，最后以南朝的失败而告终。十四世纪末，就由北朝的足利义满建立了室町幕府的统一政权。但到十五世纪后期，日本的封建藩侯又纷纷割据称雄，足利氏的政权“名存实亡”,“虽号统于一君，近来君弱臣强，不过徒存名号而已。其国尚有六十六国，互相雄长”。这一时期，日本历史上称之为“战国”时代。
这些众多的日本诸侯国都争着要与明朝通商，但又受到“朝贡”贸易的限制，于是就用武装在中国沿海抢掠，形成了比明朝初期更为严重的倭患。 而明朝自明英宗正统十四年（1449年）“土木之败”以后，国势日益衰弱，尤其到了明世宗嘉靖时，海防废坏，浙、闽沿海卫所，战船、哨船，十存一二”，士兵也只剩十分之四，“倭剽掠辄得志，益无所忌，来者接踵”，倭患日益严重起来。
嘉靖二年（1523年）五月，“日本诸道争贡”，争着与中国进行通商贸易，左京兆大夫内艺兴遣僧宗设，右京兆大夫高贡遣僧瑞佐及宋素卿先后至宁波”。宋素卿原是宁波人，后来投奔日本。“故事，番货至，市舶司阅货及宴坐，并以先后为序”瑞佐后于宗设，但宋素卿很狡猾，他贿赂市舶太监，先阅瑞佐的货物，设宴时又使瑞佐上坐。宗设不平，遂杀瑞佐，直追宋素卿到绍兴城下，还杀了明朝备倭都指挥刘锦、千户张镗等，大掠宁波沿海诸郡邑。这次争贡事件，暴露了明朝海防的废弛、将佐的无能和吏治的腐败，使日本封建主武士、商人更加轻视中国。
市舶司是明朝政府专管海外贸易的机构，争贡事件的起因不在市舶，而在于掌管市舶内官贪受贿赂，应该裁撤内官，整顿加强市舶管理。但明朝的些官员却认为“倭患起于市舶，”于是罢市舶不设。自罢市舶之后，目本船舶到中国就投托沿海的豪绅奸商。这些豪绅奸商有的乘机侵没商货，日本人就用抢掠来进行报复；有的则与之互相勾结，于沿海地区进行劫掠，使得倭患更加严重。
在巡按浙江御史陈九德的提议下，嘉靖二十六年（1547年）明朝政府任命朱纨为浙江巡抚，提督浙闽海防军务。朱纨到任后，着力整顿了海防，“日夜练兵甲严纠察”，捕杀了与倭寇、佛郎机（葡萄牙）有勾结的豪绅奸商，海盗头领李光头等九十六人。
这就触犯了闽浙豪绅地主的利益，他们指使在朝的间浙官员“劾（朱）纨擅杀”，朱纨被逼自杀。于是“海寇大作”。
嘉靖时期倭患严重的主要原因之一，是中国海盗与倭寇相勾结。明朝中叶时，我国沿海的商品经济有着比较迅速的发展。海外贸易可以牟取厚利，“输中华之产，驰异域之邦，易方物，利可十倍”。因此，沿海“海商大贾”、“浙闽大姓”为了牟取厚利，就大规模地进行走私贸易。明朝政府虽严加禁止，但闽浙沿海豪民仍“多造巨舶，向外洋交易”，“法不能止”。
他们起初大多是“各船各认所主，承揽货物装载而还，各自买卖，未尝为群”，后因海上“强弱相凌，互相劫夺，因各结踪，依附一雄强者，以为船头”，于是形成“或五十只，或一百只，成群分党，分泊各港”的情形。这种成群分党的结踪，成为当时武装走私集团的主要组织形式，其中的首领称为“舶主”。这种海商，起初主要是走私贸易，后来发展成为亦商亦盗，“于沿海兼行劫掠”。
这些海盗船只，停泊于渐江的双屿、福建的月港、广东琼州各港等沿海地区，在海外，如满剌加、吕宋和日本等地都有他们的行踪。 当时著名的海盗有汪直（王直），徽州歙县人，出身商人世家。嘉靖十九年（1540年），汪直和他的同伴叶宗满到广东打造了海船，“置硝黄丝绵等违禁货物，抵日本暹罗西洋诸国往来贸易"。
起先，汪直加入许栋的海盗集团，许栋死，汪直就成了这集团的首领，建造了更大的海船，“巨舰联舫，方一百二十步，容二千人，木为城，为楼橹四门，其上可驰马往来”。 船上武装齐备，不仅有刀枪弓矢之类，并且有当时的新式武器如佛郎机（炮）、鸟铳等。当时“海上之寇，非受直节制者，不得存”。徐海是另一个有名的海盗，南直徽州人，当过和尚，自称“天差平海大将军”。
许栋也是一个大海盗，饶平黄岗人，或曰歙人，嘉靖十九年（1540年），与李光头等百余人人海进行走私贸易，“私招沿海无赖之徒，往来海中贩鬻番货”。其他有名的海盗还有陈东、叶明、许朝光等。 海盗李光头等人与葡萄牙殖民者相勾结，在我国沿海地区进行剽掠。汪直、徐海、陈东、叶明等把日本作为他们海盗活动的大本营。嘉靖时在中国沿海进行侵扰的倭寇，往往是和他们勾结在一起的。
如徐海于嘉靖三十四年（1555年）正月“率和泉、萨摩、肥前、肥后、津州、对马诸倭入寇”，先后抢掠崇德、湖州、嘉兴、苏州、常熟、崇明等地。 同年，陈东“率肥前、筑后、丰后、和泉、博多、纪伊诸倭入寇”，先后剽掠南汇、金山、崇明、上海等地。第二年，叶明“率筑前、和泉、肥前、萨摩、纪伊、博多、丰后诸倭入寇”，先后抢掠川沙、乍浦等地。汪直则更为猖獗，据日本“萨摩洲之松浦津，僭号曰京，自称徽王。部署官属，咸有名号。控制要害，而三十六岛之夷，皆听其指使”。 他经常派遣徐海、陈东、萧显、麻叶等勾结倭寇入掠。
嘉靖三十年（1553年）三月，“汪直勾诸倭大举入寇，连舰数百，蔽海而至。浙东、西，江南、北，滨海数千里，同时告警”。由于中国海盗与倭寇相勾结，所以嘉靖时的倭寇才敢于深入到中国内地。 他们熟悉当地的情况，侵掠漳州时，“凡有名士大夫及巨室，悉素知之。拘系一大寺中，命以金帛赎身，各限以数。不如数者，腰斩锯解之”。倭寇对我国东南地区大肆烧杀抢掠，使中国人民的生命财产遭受巨大的损失。
嘉靖三十三年（1554年），倭寇在昆山“分掠村镇，杀人万计”,“烧房屋二万余间”,“各乡村落凡三百五十里，境内房屋十去八九，男妇十失四五”。
由于倭寇猖獗，明朝政府于嘉靖三十一年（1552年）复设巡视重臣，以佥都御史王忬提督军务，巡视浙江及福、兴、漳泉四府。
王忬到任后，曾于浙闽沿海地区对倭寇及汪直、毛海峰等予以打击。“复广为侦刺，凡沿海大猾为倭内主者，悉系之，按覆其家。”从此倭寇如同瞎子聋子,“不复知中国虚实与所从向往”。其在海中的船只也得不到菽粟火药等的接济，“往往食尽自遁”。王忬又巡视诸未筑城墙的府、州、县,“计寇缓急，次第城之”，建城三十余处。但不久他便被调任大同巡抚，“忬去，而浙复不宁矣”。 嘉靖三十三年（1554年）五月，明朝任命南京兵部尚书张经御倭，“不解部务，总督江南、江北浙江、山东、福建、湖广诸军，便宜行事”。
当时，倭寇二万盘踞在南直华亭（松江）柘林川沙洼，“其党方踵至”。张经每天忙于选将练兵，筹划捣毁倭寇的巢穴。可是，这时却来了个工部右侍郎赵文华，使问题变得复杂起来。 赵文华，浙江慈溪人，在国子监读书时，严嵩任祭酒，对他很看重。后来做了官，严嵩也日益贵幸，遂相与结为父子。
因东南沿海倭患严重，赵文华提出七条建议，其中一条是“请遣官望祭于江阴、常熟”，企图以祭祀海神解决倭寇的侵扰。对于这种荒唐的建议，昏庸迷信的明世宗竟予批准，“即遣文华祭告海神”。 赵文华来到东南地区，适逢张经正筹划彻底歼灭倭寇的事宜。张经自以地位比赵文华高，“心轻之”。
赵文华与浙江巡按胡宗宪相亲昵，屡次催促张经出兵，张经一直“守便宜不听”，赵文华极不满意，即写密疏诬告张经“糜饷殃民，畏贼失机，欲俟倭饱飚，剿余寇报功”。就在赵文华诬告张经而明世宗决定速捕张经的时候，张经指挥军民取得了一次抗倭大胜仗。倭寇北走平望，张经令俞大猷邀击。倭寇行至王江泾，永顺宣慰使彭翼南攻其前，保靖宣慰使彭荩臣蹑其后，遂大败之，斩首二千级，其余漏水而死者无数。残余奔窜柘林纵火焚其巢，驾舟二百余艘出海而逃。自有倭患以来,“王江泾之捷”为战功第一。
王江泾大捷后，给事中李用敬等上言：“王师大捷，倭夺气，不宜易帅。”可是，昏庸的明世宗以“党奸”把李用敬等杖打五十，并削职为民。不久，张经便被解到京城。张经详细报告了战斗经过，陈述了自己的功劳，要求恕罪。明世宗不答应。同年十月，张经被斩首。有功不赏而反被处以死刑，黑白颠倒可谓达到极点。 赵文华在王江泾大捷后上疏冒功，说是由于他和巡按胡宗宪的“督师”，方才取得这次胜利。他还推荐胡宗宪升任浙江巡抚。明世宗“益以文华为贤，命铸督察军务关防，即军中赐之”。赵文华自此“出总督上，益行无忌”。文武官吏“争输货其门颠倒功罪，牵制兵机，纪律大乖，将吏人人解体征兵半天，下贼寇愈炽”。后来胡宗宪又因赵文华的推荐做了总督。
胡宗宪虽然诱杀了徐海、陈东、叶麻和汪直等人，倭寇的凶焰有所减煞，但“新倭复大至”，对闽、浙沿海地区侵扰如故。
正当倭患长期不得平定的时候,明朝军队中出了个抗倭名将戚继光。他和另外一些抗倭将领精心组织抗倭斗争，在广大军民的支持下，终于将猖獗的倭寇彻底平定。 戚继光于嘉靖二十三年（1544年）父亲去世后袭官登州卫指挥金事，嘉靖三十二年（1553年）升任署都指挥佥事，管理三营二十五所，专门负责防御侵犯山东一带的倭寇。
嘉靖三十四年（1555年）秋天，调任浙江都司佥书，司屯局事；第二年，被推荐为参将，“分部宁、绍、台三郡”，不久又“改守台、金、严三郡”。戚继光到浙江后，为了克服“卫所军不习战”的弱点，决定在“俗称懔悍”的义乌招募农民和矿夫，组织、训练一支新军。
他之所以选定义乌作招募地点，那是因为当时这里发生了规模巨大的械斗，引起了他的注意。嘉靖三十七年（1558年），处州山区的矿夫流动到义乌城南八保山开矿。当地大族陈大成、宋廿六为首的陈、宋两家人多势大，不允许外县人在这里开矿，双方于是发生冲突。大规模的武装械斗自夏至冬发生了三次，死伤数千人。最后由于天寒雪大，械斗才告停止。这一械斗事件风闻远近，戚继光对其自相残杀极为痛心，但也因此而发现了当地的彪悍风俗，于是他向上司要求到义乌募兵。
他的要求被批准，嘉靖三十八年（1559年）秋，他亲自来到义乌，招募了三千人，组成一支以农民和矿夫为主要成分的军队。对于招募来的新军，戚继光进行了精心的训练。在训练中他注意引导士兵认清自己的职责是“杀贼”（即抵御倭寇），不许扰害百姓。戚继光严肃军法军纪，他训导士兵说：“古人驭军，有兵因天雨，取民间一笠，以遮铠（即甲也）者，亦斩首示众。”
戚继光还创造了被称为“鸳鸯阵”的战术用以操练士兵。这种战术将盾牌、狼筅、长枪、叉、钯、棍、刀等长短武器联合使用，各尽所能，密切配合。打起仗来，挨牌手在前面“低头执牌前进”，其余兵仗“紧随牌进”，“筅以救牌”，“长枪救筅”，“短兵救长枪”。倘情况有变，鸳鸯阵还可变为三才阵”、“两仪阵”，调整队形排列。
经过两个月的训练，戚继光招募的这支军队成为战斗力很强的精锐部队开赴抗倭战场。由于它英勇善战，屡立战功，被誉为“戚家军”。 嘉靖四十年（1561年）倭寇大掠浙东的桃渚、圻头。戚继光率部急趋宇海，“扼桃渚”，在龙山大败倭寇，追击至雁门岭。
倭寇逃遁，乘虚袭击台州。戚继光回军与战，“手歼其魁”，尽驱其残余至瓜陵江，将之全部歼灭。进犯桃渚的倭寇刚被消灭，圻头的倭寇又向台州进犯，戚继光在仙居截击，使倭寇“道无脱者”。戚继光先后九战皆捷，“俘灭千有奇，焚溺死者无算”。此后，总兵官卢镗、参将生天锡又在宁波、温州一带大败倭寇，于是浙东的倭寇遂告平定。
嘉靖四十一年（1562年），福建成为倭患的中心。自温州而来的倭寇汇合福宁、连江的倭寇，攻陷寿宁、政和、宁德；自广东南澳转来的倭寇与福清、长乐的倭寇相会，攻陷玄钟所，延及龙岩、松溪、大田、古田、莆田。当时，宁德附近海中有一小岛，名横屿，倭寇在此结下大营，军不敢攻，“相守逾年”。
新到的倭寇营于福清的牛田，而其“酋长”营于兴化东南，互为声援。福建明军对付不了，连连告急，于是戚继光被调入剿倭。戚继光先攻横屿，他让士兵每人拿一束草，填濠而进，结果大破倭寇的巢穴，斩首二千六百级。 乘胜至福清，打败牛田的倭寇，倭巢被端掉，余寇逃向兴化。戚继光紧追不舍，“夜四鼓抵贼栅”，连克六十营，杀死倭寇一千多人。
第二天黎明，戚家军开入兴化城，兴化人才知形势大变，“牛酒劳不绝”，戚继光于是班师回浙。戚继光还浙后，又有大批新倭来到福建，围兴化城一个月，继之攻占两个月，破平海卫。 为了解决福建的倭患，明廷调俞大猷做福建总兵官，以戚继光为副。
嘉靖四十二年（1563年）四月，戚继光至闽，与刘显、俞大猷分三路进攻平海，戚继光所率戚家军首先登上敌垒，刘、俞的部队相继突入，斩级二千二百”。戚继光因功升都督同知，世荫千户，并代俞大猷为总兵官。第二年春，戚继光相继败倭于仙游城下同安王仓坪、漳浦蔡丕岭等地，斩获颇多，余倭“掠渔舟出海去”。福建倭患至此亦被平定。
福建倭寇平定后，广东东部还有倭寇二万多人为害人民。明廷任命吴桂芳提督两广兼理巡抚，又命俞大猷为广东总兵，负责对付倭寇。在吴桂芳的支持下，嘉靖四十三年（1564年），俞大猷与其他将领先后击败倭寇于海丰等地，将之擒斩殆尽。于是广东倭患也得解除。
至此，中国人民长期以来所进行的抗倭斗争取得了最后胜利。 抗倭战争的胜利，是中国广大爱国军民与戚继光为代表的抗倭将领共同奋斗的结果。特别应该注意的是广大群众的贡献。他们积极支持爱国将领的抗倭斗争，有的还自发地主动地进行了英勇斗争。
嘉靖三十三年（1554年），倭寇围攻嘉定，城内丁千斤、马八百两人慷慨激昂地对人说：“天既惠吾勇力，义当杀贼为地方死，宁忍倭寇跳梁，中原沦陷，以使嘉邑生灵涂炭耶！”于是，他们就组织人民守城。在一次战斗中，他们冲入敌群，击杀倭寇数十人，保卫了嘉定城，丁千斤在这次战斗中壮烈牺牲。
