崇祯三年（1630年）八月十六日，明廷以“通虏谋叛”、“擅主和议”、“专戮大帅”等罪名将入卫京师的袁崇焕处以凌迟。家产没收、兄弟妻子流放三千里。
可能今时之人会对袁崇焕之死充满了辩论，支持和反对处死袁崇焕的道理都很充分，但是看历史一定不能静态的去看待问题。崇祯帝在辽左局势逐渐紧张的情形下处死了袁崇焕，这令辽东官兵人人胆寒心惊，关宁铁骑对于北京朝廷的离心力愈发明显，军阀世家对于明廷的忠诚也在不断下降，这一系列不利影响导致后来辽东宁锦防线愈发被动。辽兵甚至坦言：“在此用命如之何用？”。许多官兵萌生了投降后金的想法。而这都是起源于崇祯帝刚愎自用，擅杀边帅的行为。
崇祯三年的正月，当后金铁骑在长城内外蹂躏明朝的边境城池之时，兵部右侍郎刘之纶主动请缨，他平时喜欢研究捣鼓火器装备，再得知好友满桂战死后，他毅然向朝廷请命率领京营官兵出战，但是朝廷不许。他索性自己散尽家财，招募士卒并将流落京师的一些散兵游勇以及川军子弟兵招募起来，分为八营官兵共计一万余人。崇祯帝很期许他的勇敢，准他出征抗击后金。
在大雪纷飞的北京城外，刘之纶誓师出征。开拔以后抵达通州，但是守城官员以他不是正规军为由不予理睬。他无奈之下只得带领部队留宿城外，随后开拔抵达遵化城。遵化的后金军见有明军前来增援，即刻出兵予以进攻。遵化的后金守军并不多，击溃了刘之纶的两营兵马。但其余部队继续稳住阵型，保持对遵化的威胁之势。正月二十二日，代善领兵抵达遵化增援守军，刘之纶所部官兵都是临时拼凑起来的，哪里抵挡的住代善领着的精锐骑兵。一个照面下来，明军就彻底崩溃了。
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代善将刘之纶的中军部队团团包围，代善劝诱刘之纶投降被刘之纶严词拒绝；之后麾下也有将领劝说刘之纶逃跑，也被刘之纶严词驳斥。刘之纶命令火炮齐发，谁知明廷的火炮质量堪忧直接炸膛。军阵被爆炸声搞得混乱不堪，后金军立刻发兵进攻。明军很快就被分割开来，最后全军覆没，刘之纶亦阵殁于战阵之中。
这是明朝方面第一次有部队增援关内的城池，但是战果非常有限，被后金军打的全军崩溃。但刘之纶却是为了大明朝做到了死而后已，而身处后方的十几万官兵却不敢与后金军交战。战后，崇祯帝想要追封刘之纶，居然都被朝臣劝阻，言刘之纶的行为不符规章，不应封赏，晚明朝廷之风气可见一斑。
天聪四年（1630年）三月，皇太极命令阿敏领兵五千驻防永平，其余部队分兵驻防滦州、迁安、遵化等城。但是明廷显然无法承受让后金军就这么堂而皇之的在北京城周边存在军事力量。崇祯三年五月九日，东阁大学士孙承宗挂帅，山西总兵马世龙、锦州总兵祖大寿、山东总兵杨绍基等将领协同出兵，共同围攻滦州城，试图夺回此城。但是后金固山额真图尔格、汤古岱把守滦州，分兵驻防阻击明军，明军攻城屡战屡败。阿敏得知滦州被围之后，立即派遣都巴礼领兵增援滦州，但是都巴礼兵力不过千人，又轻敌大意被明军围歼。
随后明军加大攻城力度，红夷大炮对滦州城持续进攻，导致滦州城楼被焚毁，城垛都被击坏。守军力不能支，最后图尔格、汤古岱奔逃永平府，但是恰逢大雨导致部队撤退顺序混乱。遭遇明军掩杀，损失惨重。阿敏闻讯之后大惊失色，命令部队立刻劫掠永平城内百姓，并下令屠戮城内汉民。甚至一些投降的汉官也被诛杀，部队慌不择路撤退导致阵型大乱。前来增援的贝勒杜度也无可奈何，只得被裹挟着向后撤退。
随即明军成功收复永平、滦州、迁安、遵化均被明军成功收复。此被明廷称之为“遵永大捷”。但是皇太极异常生气，好不容易夺回的明朝城池，居然被阿敏如此轻而易举的就放弃了。皇太极早已经对阿敏心怀不满，阿敏身为努尔哈赤弟弟舒尔哈齐的儿子，权力地位在后金汗国内部都是首屈一指的。他的身份地位已经威胁到皇太极的皇权，另外一方面皇太极为了打击后金汗国一直存在的满洲贵族会议制度，加强皇权集中，阿敏就是他必须打击的对象。
“乙巳之变”令明朝损失惨重，后金军的长驱直入直接暴露了明朝空虚的后防线。中原日久承平，物产极盛。但是戒备全疏，东虏若入关几乎毫无阻拦。投降后金的参将马光远是这样给新主子汇报的。“见兵马瘦弱、钱粮不敷、边防空虚、戈甲朽坏。”马光远对朝廷彻底失去了信心和效忠的勇气，大明王朝从整体上来看，君昏臣奸、蔑视辽人。认为他们是守不住家园的流民，四处逃荒又被嘲讽刁难。袁崇焕虽说有自己的私心，可是对待辽人他是实打实的信任，辽人为之效力且非常乐意为之效力。可是袁崇焕死后，新任经略官毫无决断，对待百姓毫无用心之处，致使明廷在辽东逐渐失去人心。
明廷军事指挥上一再失误，军事将领更是贪生怕死，士卒饥寒交迫毫无斗志。大明王朝从上到下都出现了严重的政治危机，各阶层都对朝廷的统治极为不满。皇太极以长途行军，破袭作战的做法，极大破坏了明朝的经济基础，训练了后金军长途行军和攻城战守能力，同时也窥见了明朝政治上的反动腐败、经济凋敝、军事无能和连年饥荒欠饷的现实。这给了皇太极以极大信心入主中原，君临天下。
然而自天启末年开启的西北地区大干旱导致明朝面临了一个更大的问题——农民起义。
多年干旱缺雨导致陕北地区的老百姓颗粒无收，但是明廷摊派的辽饷却丝毫不减少半分。地方官员催促征粮为了迎合朝廷的课税要求，但是陕北百姓却被冲进家门的酷吏催逼的毫无活路。在天灾人祸的夹击之下，不愿意活活饿死的老百姓只得揭竿而起，闹起了轰轰烈烈的明末农民大起义。至崇祯元年始，府谷人王嘉胤、清涧人王左挂、汉南人王大梁纷纷带领穷苦百姓揭竿而起。一开始地方官员还想镇压了事，但是干旱持续严重，起义声势越来越大，到了无法收拾的地步。随后明廷得到地方政府官员的汇报，崇祯元年七月，陕西巡按御史李应期向崇祯帝上奏，请求崇祯帝可以蠲免三年的赋税，为陕西的百姓谋一条活路。
可是忧心国库空虚的崇祯帝死活不愿意蠲免这点赋税。事实上，陕西尤其是陕北的赋税总额并不高，可是明廷还是不愿意做出一点施舍和让步，这就导致了饥寒交迫的陕北军民自寻出路。至崇祯二年起，洛川、淳化、三水、略阳、清水、成县、韩城、宜君、石泉、宜川、绥德、潼关、葭州、耀州、金锁关等地，陕西大地几乎全是农民起义的浪潮。崇祯帝命令兵部尚书——杨鹤任职陕西三边总督，专职剿灭农民起义。
杨鹤就任后，采用全力剿灭农民起义的方法试图压灭陕北的农民。但随后杨鹤发现，陕北的农民起义愈发严重，越剿越多。杨鹤认为只能剿抚并用，一边打一边拉，分化农民起义。然而他的做法解得了一时燃眉之急，却无法解决根本问题。农民军一旦失去朝廷的供给之后，立刻复叛。明廷内部积弊严重，田亩赋税根本无法顺利收缴上来。另外宦官、藩王、士大夫地主阶层疯狂侵占土地的背景之下，哪里有多少田赋够朝廷收缴呢？
崇祯三年，为响应勤王命令，山西总兵张鸿功领山西兵马赶赴北京增援。然而地方官员不愿意供应粮草，山西镇兵马连续三日没有吃的。最后部队哗变，四处劫掠百姓以满足口欲。朝廷闻讯之后，立刻逮捕张鸿功下狱致使部队更加无人看管。数千山西兵马一哄而散，成为劫掠道路的盗匪，更有甚者加入陕西的农民起义军。甘肃镇兵马奉命勤王，然而部队开拔却没有补给，也没有赏格。而朝廷催促甚严，致使士卒怨声载道。崇祯三年正月甘肃镇数千兵马在定西县哗变，致使甘肃镇大乱。甘肃巡抚梅之焕几经波折才镇压下去。
种种迹象表明，明廷倚重的军队也出现了大量的叛乱，这主要是因为朝廷根本无力下拨军饷军粮，士卒毫无斗志。举延绥镇为例，至崇祯三年明廷积欠延绥镇数万官兵军饷多达百万两。致使榆林周边军队要么沦为贼寇，要么劫掠百姓过活。幸运的是这时候蒙古也在衰落，否则明廷面临的问题可能还要严峻。
但是官兵加入起义军之后带来的问题愈发严重，这主要因为这些官兵是经历了正规的军事训练，其具备一定的作战素质素养。一旦其加入农民起义军，为农民军带来了军事组织方法和训练手段，农民军的组织性和作战能力得到大幅提高，明廷统治者想要镇压农民起义愈发困难。
回到沈阳的皇太极并未召开所谓的庆功大会，他立即将目光投降身后的东江镇。为彻底解决这个后金汗国的肘腋之患，他决心故技重施——反间计。他首先诱降东江镇右协统领刘兴治，刘兴治因为母亲和侄子都被后金俘虏后，时常担心家人的安危。另一方面，袁崇焕擅杀东江镇总兵毛文龙后，致使其对朝廷产生了严重的不信任感。他认为明廷对东江镇官兵的死活毫不在意，毛帅如此忠心耿耿都被谋害，北京朝廷不值得效忠。
天聪五年三月，刘兴治策划叛乱，带领麾下部属袭杀左协统领陈继盛。但是东江镇官兵并不是全都愿意跟着刘兴治叛国，参将沈世魁发现其叛乱行径之后，立刻发动反击偷袭，将刘兴治袭杀于住所。随后东江镇大乱，纷纷扰扰了好一段时间才平息下来。明廷立即派遣前军都督府佥事黄龙就任东江镇总兵，统领这数万官兵。
但皇太极已然知晓东江镇的乱象，立即开启了他的进攻序幕。
天聪五年（1631年）五月，楞额礼率兵一万征讨东江镇。楞额礼的部队虽然是后金八旗精锐，可是东江镇乃是海上岛屿群组成的军镇。后金军的首要之务是寻找船只，可是后金军紧锣密鼓搜刮了许久，也只找到了十一只船，楞额礼无奈只带仓促发起渡海作战。六月九日后金军首先进攻离大陆最近的身弥岛。黄龙派遣副总兵张焘抵达身弥岛指挥作战，张焘利用明军的火炮轰击渡海的后金军，另外东江镇有自己的火炮战船。后金军都是骑兵精锐，哪里知道海战的打法，很多士卒没有见过海洋，对大海还有着深深的恐惧。明军利用火炮给予后金军以惨重打击，后金军的尸体甚至无法掩埋，就地火化，烟雾弥漫焚烧了数日。
不仅如此，明军还利用战船进行反击，轰击陆地上的后金军，导致楞额礼一日三惊，六月十九日一天后金军就阵亡了七百多人，部队几乎失去战斗力。六月二十八日，实在无法忍受大量伤亡的楞额礼被迫撤军。后金军第一次进攻东江镇的行动宣告失败。
这次作战，后金军的损失人数保守估计在三千人以上，损失不可谓不惨重。皇太极再次深刻体会到东江镇的实力和解决这一肘腋之患的复杂性。但是皇太极并未失去信心，东江镇如果不能彻底解决，八旗铁骑怎么能够放心举大兵征讨明朝呢？这就注定皇太极必定会采取更加强有力的手段继续进攻东江镇。
