据环球网报道，陈建仁声称要承担蔡英文的“最后一里路”，以“义无反顾”来描述自己接任台“行政院长”的心境，却被爆出并未辞去“中研院”特聘研究员的职位，而是以借调留职停薪的方式为自己解套。
陈建仁 图源台媒
台湾《中国时报》1月29日披露称，陈建仁是台“中研院”基因体研究中心特聘研究员。“中研院”证实，蔡英文办公室1月27日去函借调陈建仁担任“行政院长”；借调期间应办理留职停薪，并在借调机关支薪。报道称，依据台“中研院研究所组织规程”规定，能获特聘研究员职务的学者，不仅大多具备“院士”身份，而且任期更不受年龄限制，聘期由“中研院院长”提请院务会议决定。他们的薪资很高，对比一般研究员10万元（新台币，下同）左右的月薪，特聘研究员依照等级高低，从13万元到49万元不等。依陈建仁的分量，月薪是49万元。
台湾《中国时报》1月31日发文质疑，岛内媒体称陈建仁为暖男、“大仁哥”，此次“组阁”蔡英文也定调为所谓“温暖坚韧”“内阁”。然而暖男“阁揆”的真实面目充满算计，放不下“中研院”特聘研究员高薪，外界观感极差，让人不禁联想起陈建仁大砍军公教年金同样大玩两面手法。
文章指出，担任“年金改革委员会”召集人时，陈建仁口口声声感谢军公教人员愿意共体时艰，让台湾可以建立一个“世世代代领得到，长长久久领到老”的新年金制度，还以自己台湾地区副领导人退休薪俸为例，年改后从月领10万元降至6.3万元，让年金可以永续发展而不破产。
陈建仁的“年改”说帖被国民党“立委”游毓兰踢爆是诈骗话术，因他放弃卸任台湾地区副领导人每月18万元的礼遇金，改任“中研院”特聘研究员，可以终身领高薪。7月1日起实施的第二次年改，有更多公教人员退休金将缩水，而陈终身领取“中研院”特聘研究员的高薪则不受影响。
文章强调，陈建仁以借调方式当“阁揆”，就算不是心系“中研院”高薪，也有随时准备打包回任“中研院”的备胎，相较昔日郝柏村担任“行政院长”后立即放弃陆军上将的终身优遇，“吃碗内看碗外”的陈建仁实难服众。
