《武庚纪》是由漫画《封神纪》改编动画化而来，之所以改掉名字，是因为《封神纪》已经被注册过了，动画只能叫做《武庚纪》，二者属于同一个作品，现在玄机进行的改变，也是基于原著基础上，与作者达成协议更好的将故事展现出来。
故事从商纣王子幸反抗神族统治开始，矛盾点是神族压迫人类开采血石，似乎人类只是用于开采血石的工具，没有任何的自由生活。神族之所以压迫人类开采血石，是因为黑龙天需要血石复活白龙。
黑龙与白龙在十万年前是远古神族五大守护古龙之二，是夫妻关系，其他还有飞龙、黄龙和赤龙，在远古大战中，远古冥族被远古神族击败逃亡，黑龙天一人追击远古冥族，一直将冥族驱赶到了地狱。这本是大功一件，可是身为远古神族之主的盘古却惧怕黑龙功高盖主，与其他古龙密谋杀死黑龙。
白龙拥有最强大的空识界神力，知晓了盘古的计划，便向盘古保证黑龙不会这么做。可是盘古根本不相信白龙，还将白龙殴打致死，仅剩最后一口气。当黑龙天归来之后，看到了濒死的白龙，怒气冲冠，又以一人之力消灭了整个远古神族。至此，远古冥族逃亡地狱，远古神族只剩下了黑龙天一人。
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血石可以复活白龙，不过需要极其庞大的数量。黑龙天便创造出了新神族，在他们的带领下，管理着人类为黑龙天开采血石复活白龙。经过十万年的努力，计划快要成功了，可是阿岚潜入血晶山，企图刺杀黑龙，但是却刺到了白龙身上，使刚刚复活的白龙又一次的面临死亡。
再一次进入死亡倒计时，白龙运用空识界神力，知晓了黑龙天为复活她所做的事情，也知道了神域外面有着一群反抗者。生命的最后，白龙陪伴黑龙秒杀了逆天而行和穷凶极恶等人，又劝说黑龙天给予冥族一块土地吧，因为他们已经和十万年前不同了。设定无敌的黑龙天听取了白龙的话，放弃了对冥族和人族的杀戮，消失在了神眼布局的杀阵中。
直到最后的大战，黑龙天又一次出现击败了武庚，不过这次黑龙天改变了注意，不准备继续开采血石了，而是将整个世界交予武庚，自己将会作为观察者存在着。
黑龙天对复活白龙非常的执着，不惜花费十万年的时间，可是最终仍然失败了，还因为白龙的劝说，放走了导致计划失败的阿岚，可见黑龙天对于白龙的感情有多深。其实剧情中还有着很多的遗憾，如逆天而行和随风起舞、寒风凛凛和侍女等等。
漫画故事已经完结，动画正在进行修改，不知未来的动画剧情是否会将总体悲剧的结局进行整改呢？或许玄机现在的大幅度修改设定，就是为之后的完美结局做铺垫吧。
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