时间来到第二纪元末期，因为努曼诺尔帝国沉没，索伦最大的威胁解除了。于是他开始重新崛起，并且先发制人，进攻南方刚铎王国的城市米纳斯伊希尔，这是该城的第一次陷落，后来这座城市又被刚铎收复回来了。
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到了第二纪元的3434年，人类和精灵组成了最后联盟，向魔多进军，最终在战争中击败了索伦，包围了巴拉多要塞。之后索伦亲自迎战，在埃兰迪尔和吉尔加拉德双双战死后，击败了索伦。
到了第三纪元初期，刚铎王国怕索伦卷土重来，于是在魔多附近建造了三座高塔和一座堡垒，用来监视魔多。第一座高塔叫奇立斯乌苟斯高塔，它位于魔多的西侧，位于魔多附近的群山之中，在《指环王》电影中佛罗多就曾经被兽人捉进这座高塔之中，后来被山姆解救。后来二人前往戈锅罗斯荒野，直到魔戒被彻底摧毁。剩下两座高塔叫尖牙之塔，它位于魔多黑门两侧，建在陡峭的山坡之上，刚铎建造它们是为了监视魔多的入口。最后的一座堡垒叫杜尔桑，他位于乌顿山谷的斜坡之上，它也是刚铎在最后联盟之战后，用于监督魔多入口动静的工事。在《指环王国王归来》电影中，一支来自于杜尔桑要塞的兽人军队与来自魔多的兽人军队相遇，此时的佛罗多和山姆正乔装打扮隐藏在这伙向东行进的兽人之中，他们被迫与来自杜尔桑要塞的兽人军队前行了一段距离，最终得以逃脱。
时间来到第三纪元中期，一场大瘟疫自东方席卷到刚铎境内，大瘟疫造成了大量的刚铎人民死亡，严重削弱了刚铎国力。因为人手不足，又疲于奔命，刚铎不得不放弃了对魔多的监视，守卫魔多周围的堡垒也被废弃了，这一切都是索伦愿意看到的局面。
到了第三纪元的1980年，索伦派安格玛巫王回到无人监视的魔多继续招兵买马，没过多久，他就指挥着军队攻陷了米纳斯伊希尔，这是这座城市的第二次陷落，此后更名为米纳斯魔古尔。
从那以后，刚铎和魔多的战争不断，魔多正是宣布崛起。到了第三纪元的2951年，索伦公然现身，重建了巴拉多要塞。他再次在魔多聚集起黑暗大军，索伦之眼便成了力量和恐怖的象征。直到魔戒圣战期间，西方大军进攻黑门，佛罗多摧毁了魔戒。自此魔多的黑门和巴拉多要塞倒塌，末日火山再次喷发。并且戈锅罗斯荒野发生了剧烈的地震，这片平原被彻底摧毁。
魔多的势力被推翻后，阿拉贡解放了米纳斯伊希尔，解放了努尔能的奴隶，将那里的所有土地都分配给他们自由耕种。从那以后魔多的大部分区域都荒废了。
