随着班超的初步成功，北匈奴势力开始从西域各地退场。但敌人却没有给他们以喘息的机会，很快就让班超成为了孤悬在外的一支力量。在此关键时刻，班超充分调动本土势力的策略，开始发挥极好的效果。
北匈奴的大举反攻北匈奴一直不情愿看到东汉势力在西域扎根
公元75年春天，窦固的西征军已经撤回中原。北匈奴看到东汉恢复在西域的机构建制，于是就派遣左鹿蠡王率2万骑兵攻打车师。戊校尉耿恭遣司马将兵三百人救援，结果全军覆没。北匈奴在攻杀车师后王安得后，又进攻耿恭驻守的金蒲城。
耿恭临危不惧。他提前让部下在箭头上涂了毒药，一被射中就剧痛无比，继而伤口溃烂。数百人的汉军还组织劫营，让匈奴人在毫无防备的情况下，被耿恭组织的敢死队打得溃散而去。
西域汉军除了坚守城池 并无其他很好的办法
但耿恭知道，匈奴人迟早还会回来。金蒲城过于弱小，而且位置靠近前线，是无法固守的。他旋即把部队带到附近的疏勒城（位于今天新疆昌吉州奇台县，不是南疆的疏勒国）。前来复仇的匈奴人数占据绝对优势，但死伤无数，就是攻不下城来。于是把河流上游截断，使得守军开始缺水。耿恭下令打井取水，打到十五丈深。最后应该是挖到了冰山脚下的浅层地下水，才缓解了缺水灾难。
在之后的漫长围城中，东汉本土也发生了汉明帝去世这样的大事件。新的汉章帝即位，已经准备放弃西域。于是没有向西派出援军，反而命令在西域活动的汉使返回中原。
疏勒城是班超驻军与中原直接的主要联系
也是在这一时间，陈睦和郭询见状不妙，于是联系焉耆国救援耿恭。但是龟兹王看有机可乘，便鼓动焉耆、危须和尉犁去进攻汉军。由于速来轻视西域人的战斗力，汉军被以龟兹为主力的西域联军击败，2000多人的队伍全部战死。于是，整个西域只有戍己校尉保卫的金蒲城和柳中城，还有在疏勒国活动的班超。但是两军间隔太远，所以远水不解近渴。
几个月后，疏勒城中的汉军依然宁死不降。汉军大旗依然在城头高高飘扬。匈奴人也精疲力竭，多次招降守城的耿恭。但后者不仅不为所动，反而将匈奴使者杀了吃掉。
南下的匈奴骑兵 经常可以从容包围对手
公元76年1月，汉朝援军到达了残破的柳中城，但只找到了遗落满地的遗骸和破碎的兵器。随后由范羌分出2000人再赶往疏勒城，发现坚守那里的士兵只剩下了26人。两拨人以最快的速度撤出了疏勒，向东面的玉门关撤退。
匈奴骑兵发誓不能放跑这批的军，于是在后面拼命追击。汉军且战且退，最终抵达玉门关时，耿恭的部队仅剩下了13人。他们的撤退，实际上也预示着班超在西域成为了一支孤军。
在力所能及时 匈奴增援西域比东汉更为方便
东汉在决定放弃西域的同时，也命令班超回国。但他知道如果撤退，西域必然沦落到北匈奴的铁蹄下。疏勒和于阗军民也挽留他继续驻扎。于是班超感觉自己完全可以成为西域的霸主，借助汉朝的威望在这里建功立业。
疏勒和鄯善一样，是塔里木盆地的西部顶点之一，而且此地和莎车是仅次于轮台的西域良田。控制了这里，就可以封堵盆地的西部出入口，还可以依托背后的山地和山前的大漠对抗漠北的压力。出了疏勒的山口，他还可以联系葱岭外的康居、大宛和贵霜。
除了班超的人马 其他汉军都只能退回玉门关以东
以夷制夷已经大部分融入黄土的 疏勒遗址
在班超没有走远时，疏勒就有两个城市投降了龟兹。这些人还勾结附近的龟兹盟友尉头，准备一举拿下整个疏勒。班超在收拾了国内人心后，迅速反戈一击，捕斩疏勒叛军六百余人。随后又马不停蹄地奔赴尉头，并一举击破了这个小国。
虽然如此，但是班超所面对的西域格局依旧在不断恶化。公元77年，由于旱灾的原因，东汉难以维持在西域的屯兵，于是朝廷决定罢位于天山东段北麓的伊吾庐屯兵，北匈奴复派兵守其地。这是汉政府的一大失策，把一处良好的后勤基地和西域屏障放弃给匈奴。班超能获得的中央支援越来越少。
汉明帝一直都不愿意在西域投放太多兵力
当汉朝的存在感在日益薄弱，班超在西域仍采取进攻战略。在分析局势后，班超觉得西域北道有匈奴军队活动，各个城邦位于匈奴势力的直接影响下，所以对汉的态度不太友好。但在南疆，因为有沙漠的阻隔，所以可以维持相对独立的外交政策。所以除了莎车不臣服之外，其他国家已经被争取到了汉朝一边。加上汉朝在西域已经没有大队军队驻扎，所以给南疆诸国造成的直接经济压力要小很多，有利于班超更好地融入到当地的文化中，并避免引发当地人的过分警惕与反感。在这种情况下，班超想到的办法就是以夷制夷，调动西域各国的本地力量来借力打力。
公元78年4月，班超率疏勒、康居、于阗、拘弥等斯基泰国家的联军10000余人，进攻吐火罗系的姑墨和石城，斩首七百级。借助这一机会，他上书中央请求派兵支援。建议汉朝可以从本地人的内部矛盾入手，组织起由南疆、大宛、乌孙和康居构成的的反匈奴-龟兹联盟。一旦孤立了亲匈奴的吐火罗系城邦，西就有希望平定西域。
西域斯基泰系势力 是班超倚重的力量
班超的“以夷制夷”战略，使章帝也见到了希望。东汉便派假司马徐幹率义从部队1000人去支援班超。这其实体现了汉廷想以低成本换高收益的赌博心态。但因为不派正规军到场，也让班超在当地有更大的自由。
公元84年，章帝看到班超在西域似乎有了起色，又派假司马和恭等率领800人支援班超。班超发动疏勒和于阗的军队，一同夹击莎车。莎车贿赂疏勒王忠反汉，帮助他占领了乌即城。班超乃更立其府丞成大为疏勒王，并遣使者说服康居王逮捕疏勒王忠。这是又一次“以夷攻夷”的胜利。
同为小邦 斯基泰系的武力依然胜于吐火罗人
公元86年，疏勒王忠从康居借得精兵暗中埋伏，遣使向班超诈降。班超知其奸诈而假装答应下来。忠遂以轻骑见超，被班超所斩杀。此后，班超召集了来自于阗诸国的25000人马，攻击莎车。龟兹王则调集温宿、姑墨、尉头等吐火罗人共50000救援。
班超与于阗王共设假撤兵之计，以分散敌人兵力。龟兹王得知班超要撤兵后，就亲率10000人去西界阻击班超，别让温宿王率8000骑兵去东界拦击于阗王。班超等待两国大军已经出击，遂带骑兵兵急驰莎车军营，斩杀了敌军5000多人。莎车遂降，而龟兹等国兵也皆溃散。在向东平定了盆地内的敌人后，来自西方的外患正在袭来，威胁东汉在西域的脆弱存在。
汉军在西域主要扮演精锐突击者的角色
来自贵霜的挑战东汉经略西域的同时 贵霜也在逐步扩大领地范围
此前，班超曾经以书信远交近攻，调动被称为月氏王的贵霜帝国，去说服康居撤兵。双方有了貌似良好的初步接触。
月氏王虽未涉及西域之事，但他曾遣使通过班超求娶汉的公主。其实，班超此时在西域已拥有巨大权利。一旦申请朝廷派公主，必然导致汉朝公主和他的随臣在月氏的出现，可能会近距离牵制他的行动。贵霜是希望以此向东伸展势力，寻找在塔里木盆地的扩张。但无论是中央和还是贵霜，都会影响到他个人在西域的威望。所以这一建议，遭到班超拒绝，并送回其使者，月氏王因此痛恨班超。
班超通过长期经营 已经成为了西域的联盟领袖
公元90年，月氏王派其副王谢，率70000大军越过帕米尔高原，不远千里来攻击班超。而且这一战前，贵霜帝国看好了汉军远征北匈奴后回国，西域出现了权利真空。于是贵霜人联络同属吐火罗系的大国龟兹一起起事，对西域的汉朝势力发难。
就武力辐射范围而言，贵霜帝国的核心北印度地区，短于东汉的长安到西域的距离。但贵霜的战略重心却是不断南下印度，所以不可能以全部力量来进攻西域。所谓的副王，其实就是由最高君主任命，节制一方的总督级人物。依靠中央宫廷的权威，协调和指令地方长官、属国君主和自治城市。因此，班超其实不必担心自己面对整个贵霜帝国的全力猛攻。
贵霜领袖之下 是大量塞种人与希腊化大夏人
在人种和文化上，西域的吐火罗人、塞人和地中海类型印欧人，无疑会天然地倾向于印欧人系统的月氏远征军。后者的统治阶层由西迁的月氏人为主，也渗入了不少塞人、大夏人、印度人和希腊化领主。所以在文化亲和力方面，具有一定优势。
但是班超常年在西域活动，也并非优势全无。随着东汉的建立，军制出现了新的变化。所以此时的西域汉军，已经不是西汉时代戍卒和长于弓马的边郡良家子，而是来自内地的刑徒和自愿从军的胡汉人士。班超手下除了36人的老班底，还有的就是汉章帝派来的这1800名刑徒兵和义从兵。前者从军是为了抵罪或者险中求富贵，后者在汉魏时代其实有明显的外族色彩，可能包括边境的汉人和河西的各色外族。
汉军甲胄不重视下半身防御 更适于据守城池
在装备和兵种上，这支汉军主要武装的是皮质或者铁质的札甲。这种和先秦甲胄一脉相承的护具，对于战士下半身的保护其实是有欠缺的。所以这样的护具更有利于汉军守卫城池，依托雉堞瞭望或者放箭。
对比中亚地区流行的复合弓，汉弩虽然装填速度慢、重量大，拉弦需要的臂力更大，但是有利于步兵依托掩体射击。加上汉弩有带刻度的瞄准器--望山。射手依据目标物的距离远近，更好地准确命中目标，而且准确度和力度也大于马背弓箭骑射。
装备望山的汉弩 也非常适合静态防御
作为班超盟友的疏勒等小国，拥有算是低配版的斯基泰骑兵部队。除了骑射和侦查为主要功能的轻骑兵，重骑兵也不是不存在的。从西域壁画来看，这些塞人贵族重骑兵，有着类似于双领对襟大衣的护甲，盆领类似于翻起的衣领。而且受到月氏和波斯文化影响，他们也有护臂甲。步兵身着开领对襟胡服，使用剑、斯基泰风格的短斧或者复合弓。分塞人贵族有着类似于希腊马鬃头盔的宽沿高顶头盔。
贵霜方面，其北方控制区大宛和康居是这次远征的主要兵源地，月氏本部兵力的比较有限。所以其主力还是各种斯基泰-北印度和月氏的轻重骑兵。轻骑兵和汉军的外族轻骑兵风格类似，而重骑兵的护具则要精良许多。贵霜系和斯基泰系的具装骑兵用大块金属片缀连的护身甲护体，而且普遍有臂甲和盆领保护关节和脖颈，这是汉军比较缺乏的护具。相比于汉代的筒型铁胄和帻冠，库班式头盔、有面具的头盔和希腊风格的头盔提供的保护也会更加全面。
贵霜军队受到帕提亚影响 包括了不少具装骑兵
虽然贵霜骑兵有比较完备的马甲，费尔干纳盆地的良马古哈萨克，也承担得起精良的马具。但是重骑兵的全副武装，必然会消耗战马的体力，需要大量草料和水源。所以大队贵霜骑兵穿越缺乏水草的大漠和干旱地带，无疑非常考验大军的后勤补给能力、侦查能力和粮草收集能力。这是贵霜军队面对的一大劣势。
贵霜人仗着文化优势，对西域小国的亲近感，可能对于班超的几千人毫不在意。但是西域世界的逻辑，是服从能提供稳定保护，而且能常驻当地的强者。无论是贵霜的总督，还是匈奴的僮仆都尉，还是汉朝的都护或者校尉，谁能更好地融入本地环境，熟知当地的风土人情，无疑会拥有更大的动员能力和威望。
保存至今的汉朝烽火台遗址
从西汉时代开始，汉军就在塔里木盆地修建长城和亭障，在当地设置亭障和烽燧系统。在西域干旱少雨的环境下，这种信息传播体系能以比较快的速度实现绿洲间的信息传递，有利分布在各个绿洲的汉军和亲汉势力做好防御准备。驻扎在各个战略要地里的汉军，非常清楚控制要点意味着能充分地发挥自然优势。庞大的人数，反倒会成为西域入侵者的梦魇。在使者都尉和戍己校尉等人的领导下，汉军积累了大量关于本地的情报，比较适应本地的小分队作战模式。只要是不出现王莽式的恶意挑衅和故意羞辱，西域属国也不会选择开展成本很大的绿洲战争。
此外，从出土的疑似汉代都护府城池的奎玉克协海尔古城来看，汉朝驻军会对驻守的西域本地城池进行改造。一般是修建成汉式方城和西域圆城嵌套的结构。增强防御力的同时，保证城内有水、水窖或者河流。
今天的 奎玉克协海尔古城
当然，班超的软实力不容低估。经过了之前的征战，班超无疑在南疆的几个斯基泰王室统治的国家里积累了不小的威望。毕竟西域的风俗就是尊重强壮者而歧视弱者。有军事素质的外交人员，都能以过硬的个人水平，赢得匈奴人和西域人的好感。
在身份上，班超还迎娶疏勒王的女儿，也为他积累了意想不到的优势。西域妇女在家庭事务和国政决策中的地位很高，班超真联姻，无疑有助于他获得西域本地贵族的威望，从而更好地介入当地的权力游戏。
女性在斯基泰文化中有很重要地位
间接战略的胜利班超下令几乎所有部队都收缩入城防御
经过了收集粮草并兼并清野，班超所能获得的支持，主要来自于疏勒和于阗这两个各有3万胜兵的斯基泰国家。防备北道不怀好意的吐火罗系国家和北匈奴。在疏勒和于阗之间，还有一个被自己曾经打残，但是依旧有敌意的莎车国故地。所以班超从于阗抽调的兵力非常有限，可以直接调动的兵力主要就是疏勒国的力量和自己的直属部队。
贵霜虽然以骑兵作为远征军主力，但西域地区的国家主要是城郭邦国，所以贵霜人也必须携带一些北印度和斯基泰的步行部队，乃至极少数的希腊后裔出征。让他们执行运输、架桥铺路和攻城的任务。考虑到整支军队的兵源地是大宛和康居，这里都是斯基泰文化区，军队风格倾向于东伊朗-斯基泰的风格，希腊裔仅仅是点缀，所以整支军队的风格其实是适合野战的。
遥望疏勒城的贵霜骑兵
班超通过侦查，做出了“月氏兵虽多，然数千里越葱岭来，非有运输，何足忧邪”的判断。从后来贵霜人向龟兹请求粮草支援的情况看，也说明了军队的步兵和运输队不多，更可能是一支靠掠夺和随军携带牧群作战的游牧军队。这样的队伍不仅缺长期围困的攻城传统，而且缺乏稳定的后勤。
当贵霜的骑兵经过了肥沃的费尔干纳地区，穿越荒芜而寒冷的帕米尔高原时，全程变的非常困难。在一些窄道上，驼物资的牲口根本无法通过。在进入疏勒前，贵霜军队需要经历一系列起伏极大的陡坡和下坡路。在越过进入疏勒的乌鲁恰克提关口后，还要过一座高16000尺的山隘.一路上的低洼地带，只有一些斯基泰人的夏季牧场，贵霜军队只能通过他们来探路。但如此兴师动众的远征，已经惊动了严阵以待的汉军。
至今 帕米尔都是环境恶劣的地方
贵霜军队进入塔里木盆地后，几乎就触及了班超坐镇的疏勒国。汉军发现对手在穿越帕米尔高原时已损失了不少辎重，所以极度依赖绿洲地带的水源或者果园来补充体力。但是在班超的提前安排下，果园已经被提前收割，野外的水源被填埋。虽然如此，数目依旧客观的贵霜人依旧包围了疏勒王城，以及喀什葛尔绿洲的其他据点。
在班超军法的勒令下，汉朝和西域联军被禁止随意出城浪战。虽然汉军已经积累了用武钢车结阵长期对抗游牧骑兵的经验，但是两方人数悬殊，而且汉军一方缺乏有力而且数目足够的骑兵，所以守城是不二选择。
下马步射的贵霜骑兵
在长期的坚守中，贵霜的骑兵找不到用武之地。在骂阵和诱敌之后，只能选择下马扎营攻城。汉军主要依托弩机和大黄这种远射弩射击靠近的敌人。
面对贵霜人也会使用源自古代波斯的攻城技术，堆土坡靠近城市，或者是修木质塔楼进攻。中国的攻守城技术经过墨家的总结，到了汉代已经稳定下来。汉军一般是全力射击，防止敌军过分地靠近城墙，也会用提前备好的蒺藜和石头投掷靠近城下的人。面对波斯式的藤条和柳条编制的移动掩体，则用火箭和火弩矢加以焚毁。为了防止敌人的夜袭，汉代烽燧里就有了饲养军犬的传统，一个烽燧配两只军犬，警惕敌人的夜袭和爬城墙。为了防止敌人的火攻，城墙上配备了用于灭火的水缸和皮盆防御对方的火攻制造火势。
双方军中都有不少属于斯基泰系的塞人骑兵
长期的攻城战和营地生活，意味着忍受夏日正午的酷暑和夜里的寒冷。久攻不下的战局，很容易让散漫的游牧勇士们失去耐性。于是他们的营地防御也露出了破绽，营地供水和卫生的问题，也因为人多而日益显现。于是班超一面通过烽火向其他城镇发出信号，让他们派出骑兵侦查敌情，顺便试图截取敌人的粮道。
虽然贵霜军队的骑兵行军非常迅速，但是后勤补给显然没有跟上。这为汉军和西域联军骑兵截断对方粮道，引发对手饥荒制造了可能。从疏勒绿洲到龟兹和姑墨这样的吐火罗国家，其实交通路线是沿着天山南路前进，是非常固定的。所以贵霜从龟兹求粮的计划遭到了班超骑兵的截杀。班超托人将信使的头颅送到贵霜副王面前，暗示你们最后的后勤希望已经破灭了。这才将对手逼到了谈判桌上。
贵霜的大量主力部队在攻城时作用不大
此战中，贵霜吃亏在于军队人数庞大但是后勤有严重问题。贵霜副王和他的远征军，想当然的将游牧民族就地掠夺粮草，快速行军的战术运用于西域盆地。但很明显，塔里木盆地没有大片草场供他们施展这一战术。班超的坚持守城之策，让骑兵被迫下马作战，让良马成为了消耗粮食和水源的累赘。长期在西域活动的汉军小分队，对于西域的主要交通线和城邦间的联络方式非常熟悉，所以他们能用斩首的方式斩杀贵霜前往龟兹的信使，截断敌人最后的通路。
班超除了利用斯基泰人和吐火罗人的固有深刻矛盾外，还极好地以城市和突袭隐藏了己方真实兵力，避免了过度暴露真实实力。他用大漠和雪山达成了敌我信息不对等，加强了对贵霜人制造的恐慌效果。
在西域的斯基泰系城市看来 贵霜和龟兹都是吐火罗人
但为了不继续恶化局势，维持战略平衡，班超也不可能将战争拖延下去。否则紧靠汉朝的刑徒兵和西域小国的兵马，很难长期与摸清虚实的贵霜争霸。最好的解决策略还是继续利用信息的不对等，和自然地理环境的限制，请走这支大军。不过这不是一场正面的大规模野战，并不能论证汉军的战斗力绝对强于贵霜帝国。只是从侧面说明了西域不适合大兵团作战。
公元91年，班超以敲山震虎的方式，在龟兹的盟友焉耆，扶持了亲汉的焉耆王，狠狠削弱了吐火罗人的势力。班超也因定西域有功，被封为定远侯、食邑千户。最后在公元102年八月回到洛阳，改任射声校尉，因病死于9月。
