在水浒中，民间有四大农民起义组织，也就是宋江、方腊，王庆和田虎，按照实力来划分，应该是方腊第一，宋江第二，田虎第三，王庆第四。宋江带领梁山108将投降朝廷之后，马上就从江湖三无人员成为有编制的公务员，但是这个代价也是很大的，那就是招安不久，他们就接受朝廷命令，开始征田虎、打王庆，后来还北上攻打辽国，还没来得及休息，马上就被一道命令，挥师南下，征方腊。在前面的几场战斗中，梁山军兵不血刃，108将没有任何伤亡，虽然也曾遇到一些阻碍，但是最后都完美解决，从这点也能看到梁山军确实有很强的实力，但是在面对方腊军的时候，梁山军就没那么轻松了，加上作战伤亡、非战斗死亡一共七十多人，整个队伍都差点被打垮。虽然最后也取得了胜利，但这种胜利只能说是惨胜。
在宋徽宗统治的初年，宋朝的情况一度很不错。内有蔡京主掌国政，增加国家财税收入。外有童贯领兵攻略，连续湟川等数个边地州郡，和西夏与辽国的交涉都从消极防守转向了积极进攻。一时间竟然隐隐有中兴之象。然而就在这个时期，宋朝的南方却突然出现了方腊起义。揭开了太平盛世背后已经衰败不堪的社会现实，为宣和朝短暂的盛世提前敲响了丧钟。
北宋宣和年间，宋徽宗喜花石竹木。在江南设“苏杭应奉局”，派众爪牙到东南各地，搜刮民间花石竹木和奇珍异宝，用大船运向汴京，每十船组成一纲，时称“花石纲”。方腊（约1076-1121），又名方十三，家有漆园，朝廷设立的造作局经常残酷地榨取漆园的出产，方腊心中怨恨却不敢发泄。正遇上朝廷搜刮奇花异石的侵扰，方腊就乘着百姓忍受不了这种侵扰的机会，秘密吸收贫穷而又无正当职业的人，救济并结交他们。众人的心已经归附之后，方腊就宰牛滤酒，召集一百多个年轻人聚会宴饮。
宣和二年1120年12月14日，方腊假托“得天符牒”，自称圣公，率领农民杀死方有常一家，以帮源峒为据点，率领千余人在青溪县起义。临近州县的农民果然纷纷响应。义军仿照宋朝制度置偏裨将校，又制头巾六等，自红巾以上，分别等级，建立了兵将体系。方腊率众四出攻略乡里，很快就聚集了数万之众。
摩尼教是波斯人摩尼创立的一种混合型宗教，其教义混合了基督教、拜火教与希腊哲学的一些理念。在向东传播的过程中，摩尼教有在中亚混合了佛教的部分思想。结果在唐会昌灭佛运动同时，也顺手无差别打击了中原的摩尼教。残存的教徒被迫向东南迁移躲避官府的压制。宋代摩尼教开始在两浙和福建地区广泛传播，已经成为官府视线之外的一种地下教派。他们在教义上与唐代的正统摩尼教有所区别，而与同时期的白莲宗和净土宗等佛教派系相互融合。自从转化为地下宗教之后，也逐渐成为民众反抗官府的精神指引。这引起了宋徽宗和朝廷的警觉，下旨严禁这种“魔教”。
没有实质的证据证明，方腊是一个摩尼教徒，也没有证据证明他最早聚集起义的千余人是摩尼教徒。但方腊揭竿而起之后，在东南发生了多起响应方腊的摩尼教众起义。导致官府方面认为摩尼教就是此次起义的背后推手。故而将方腊斥称为妖贼，说其“托左道以惑众。新发现的资料认为，方腊可能与常年活跃在东南地区的贩运私盐组织有关。东南地方的私盐贩历来有着强大的组织能力，坚强的战斗力以及和各种反政府势力的紧密联系。方腊通过盐贩和摩尼教徒产生联系并不让人意外。
睦州知州张徽言听说方腊造反，派两浙兵马都监蔡遵率领五千官兵前往镇压。但两浙驻扎的宋军以厢军和乡兵为主。厢军是按照制度是宋朝驻扎在地方的镇兵，并不能真的上阵打仗。他们只在地方当杂差，是兼有维护治安和充当劳役的双重身份，所以稍有本事的人就不肯加入。何况，厢军的兵员主要靠招募无业人员、收编饥荒难民以及罪犯配军。可以说，大而无用的宋代军队弊病在其身上体现的特别明显。另一边，方腊的农军没有盔甲也没有弓箭，谈不上有什么正规的武装。甚至靠装神弄鬼来吓唬官兵。但农军却有一个官兵不具有的优势，就是对青溪县地理的熟知。他们将官军引诱到青溪县东的息坑，伏兵四起。还来不及列阵的宋军，就这样被分割包围。在猝不及防的情况下，很快溃败，蔡遵本人也被斩杀。
宣和二年（1120）十二月初，起义军攻克睦州，占据寿昌、分水、桐庐、遂安等县。直趋当时花石纲指挥中心的杭州。不久，向西攻下歙州，全歼宋东南第三将“病关索”郭师中部，东进攻克富阳、新城，直趋杭州，以“杀朱”相号召。杭州是两浙路的首府，又是造作局所在地，花石纲指挥中心之一，聚集着大批官吏和富商、地主。处州霍成富、陈箍桶等人皆加入战局，衢州摩尼教的组织亦起兵响应。方腊军在极盛之时建立了包括江蘇、浙江、安徽、江西的六州52县在内的政权，在当时对宋朝威胁极大。
12月29日，起义军攻陷浙江路首府杭州，杀死两浙路制置使陈建、廉访使赵约，知州赵霆逃走。宋朝在东南的统治几乎瓦解。起义者中相当多是摩尼教的教众，这些富有战斗精神的教徒参加后，方腊起义军更加势不可挡。宋人记载，当时起义军抓住宋朝官吏一律杀掉。或抽出肚肠，或切断肢体，或者放入油锅，或者以箭乱射。展示出了带有宗教色彩的战争的极端特质。
后来方腊起义还是失败了，其中水浒中有两点点出方腊起义失败的原因，虽然水浒不是历史，但这两点却是正确的。第一点，方腊内部严重不团结，君不信任臣。方腊第二个失误就是当权后严重侵害百姓利益，由得民心变为失民心。
